- Ambiente e Desenvolvimento Sustentável
- Autonomia, Gestão e Participação
- Ciência, Tecnologia e Capacitação
- Cooperação Internacional
- Cultura
- Desenvolvimento Econômico Local
- Desenvolvimento Social
- Desenvolvimento Urbano
- Educação
- Gênero e Município
- Integração Fronteiriça
- Juventudes
- Planejamento Estratégico
- Segurança Cidadã
- Turismo
- Grupo de Comunicação
Unidade Temática de Cooperação Internacional
A UT, criada em 1996, é encarregada de concretizar projetos de cooperação internacional que possam beneficiar às cidades da rede; desenvolver ações de treinamento e informação sobre temáticas de interesse, concretizar a proposta de conformar um banco de dados das Mercocidades cujas experiências no âmbito internacional tenham sido bem sucedidas e procura inovar as ferramentas de cooperação internacional.
Desde a Cúpula de Santo André em dezembro de 2005 a coordenação ficou a cargo de um grupo integrado pela Comissão Diretiva e a Secretaria Técnica Permanente.