- Ambiente y Desarrollo Sostenible
- Autonomía, Gestión y Participación
- Ciencia, Tecnología y Capacitación
- Cooperación Internacional
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- Integración Fronteriza
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Unidades Temáticas
Las Unidades Temáticas surgen dando respuesta a la necesidad de Mercociudades de trabajar en determinados aspectos de alta preocupación en la Red y las ciudades. Actualmente las Unidades Temáticas son 15, a las que se le suman 7 Grupos y Comisiones de Trabajo.