- Ambiente y Desarrollo Sostenible
- Autonomía, Gestión y Participación
- Ciencia, Tecnología y Capacitación
- Cooperación Internacional
- Cultura
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Unidad Temática de Ciencia, Tecnología y Capacitación
Desde la creación de la Red de Mercociudades en 1995, tiene como objetivo estimular la cooperación científico-tecnológica entre las ciudades integrantes de la misma, a través del intercambio de experiencias y conocimientos. Organiza anualmente un premio a la mejor investigación aplicada en el ámbito de las Mercociudades.